天汉三年（前九十八年），四十八岁的司马迁在狱中受了宫刑。这是一种割去生殖器的刑罚，它带来的不只是肉体之痛，更是奇耻大辱。一个士人受了这种刑，按当时的观念，比死还难堪。司马迁后来在《报任安书》里写他在牢里的样子：手足被捆，戴上木枷，肌肤暴露，受鞭打，关在高墙之中。见狱吏就叩头撞地，见牢卒就心惊胆战。他不是没想过死。他说，人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛。此刻伏法而死，在权贵眼里，不过像死了一只蝼蚁。
让他忍下来的，是一部还没写完的书。祸事起于一句话。天汉二年（前九十九年），骑都尉李陵率五千步兵出击匈奴，被八万骑兵包围。他率部力战，箭尽路绝，援兵不到，最终投降。消息传回长安，满朝文武痛骂李陵。汉武帝问太史令司马迁的看法，司马迁据实说：李陵以五千人对抗数万敌军，歼敌上万，转战千里，矢尽道穷才降，未必是真心，或许还想找机会报效汉朝。
这番话触怒了武帝。在武帝听来，替李陵开脱就是贬损他宠姬李夫人的哥哥、主帅李广利。司马迁被定了「诬罔主上」的罪，判了死刑。免死有两条路：要么交五十万钱赎罪，要么受宫刑。司马迁官微家贫，拿不出这笔钱；亲友也无一人站出来救他。他选了宫刑，选了活着受辱。
支撑他的，还有父亲的遗命。父亲司马谈也是太史令，临终前拉着他的手流泪说：今天下一统，明主贤君、忠臣义士，我身为太史却没记载他们，荒废天下史文，我心惧啊，你可要记在心上。司马迁俯首流泪，接过嘱托。
他十岁诵古文，二十岁漫游天下，南下江、淮，上过会稽，探过禹穴，凭吊过屈原投水的汨罗江，又北过汶、泗，在孔孟的故乡讲业习礼。元封三年（前一百零八年）他继任太史令。太初元年（前一百零四年），他参与制定的《太初历》颁行，随后便正式动笔写这部史书。书写了没几年，横祸从天而降。
受刑之后，他在《报任安书》里反复念着那些在困厄中著书的古人：周文王被拘禁，推演了《周易》；孔子周游受困，作了《春秋》；屈原被放逐，写下《离骚》；左丘明失明，才有《国语》；孙子被膑脚，《兵法》得以修列；吕不韦迁蜀，世上流传《吕氏春秋》；韩非被囚于秦，写下《说难》《孤愤》；《诗》三百篇，大抵都是圣贤发愤之作。他把自己也放进了这条线里。约到征和二年（前九十一年）前后，全书终于完成。这部书当时叫《太史公书》，东汉以后通称《史记》。全书一百三十篇，五十二万多字，分十二本纪、十表、八书、三十世家、七十列传，从上古的黄帝一直写到他身处的汉武帝时代。他写帝王，也写刺客、游侠、商人、俳优；他敢把失败的英雄项羽写进本纪，敢为酷吏立传，也敢在《平准书》里记下当朝的盘剥。这是中国第一部纪传体通史，后来两千年的「正史」，都沿着他立下的体例往下写。他给这部书定下的志向是：究天人之际，通古今之变，成一家之言。他忍了男人最难忍的辱，把自己活成了那根托住竹简的绳子。书在，他就在。
❝有些屈辱，受了不是因为怯懦，是因为心里还有一件比脸面更重的事没做完。你能忍多久，那件事就能替你活多久。❞