一九一三年三月二十日晚上十点多，三十二岁的宋教仁在黄兴、廖仲恺等人陪同下，来到上海沪宁火车站，准备乘车北上。他刚走到检票处，突然身后枪响，连发三弹。其中一颗击中右腰，穿过肾脏。他被紧急送往附近的铁路医院。
手术中，宋教仁自知不起。他嘱咐于右任三件事：把所有在南京、北京和东京寄存的书籍捐给南京图书馆；照顾他贫寒家中的老母；要同志们继续救国，勿以为念而放弃责任心。他请黄兴代为拟了一份电报，发给当时的临时大总统袁世凯。
电文是这样的：「今国基未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心布公道，竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年。」三月二十二日凌晨四点，宋教仁伤重不治，年仅三十二岁。
刺杀的主谋，至今是悬案。枪击发生后三天，英国巡捕逮捕了枪手武士英，随后又在江苏巡查总长应桂馨家中搜出他与内阁总理赵秉钧、内务部秘书洪述祖之间的往来信函和三本电报密码。赵秉钧是袁世凯的亲信，应桂馨也曾向袁世凯方面索要「毁宋酬勋」。刺杀链条清晰，但最终的幕后指使者是否为袁世凯本人，并无确凿定论。孙中山等人认定是袁世凯指使，发起了「二次革命」。但也有史家指出，民国时期的司法结论认为，宋教仁案与袁世凯没有太多直接关系，更多是底下人的揣摩上意。嫌疑归嫌疑，坐实不了。
宋教仁为何被盯上？一九一二年，他在同盟会基础上组建国民党，任代理理事长。一九一三年初国会选举，国民党获得绝对多数。宋教仁主张内阁制，限制总统权力。袁世凯最忌惮的，就是他在国会中的这种能量。他曾收到袁世凯赠送的五十万元支票，不为所动，原数退还，继续南下竞选。
一声枪响，击碎的是刚刚起步的政党政治理想。宋教仁死后，中国陷入长期的军阀割据和政局动荡。他生前想实现的，是在中国建立真正的民主宪政。临终的电报里，他仍然期盼着「确定不拔之宪法」。这份期盼，他没有等到。宋教仁葬于上海闸北。孙中山为他撰写了挽联：「作公民保障，谁非后死者；为宪法流血，公真第一人。」这副挽联后来广为传诵，成为对宋教仁一生最贴切的总结。宋教仁的一生，短暂而炽烈。他用三十二年的生命，为中国政党政治点了一把火。火没有烧下去，但他留下的那颗种子，在后来的岁月里，一次又一次地被人想起。
❝临终电报里，他没有提刺客，没有提仇人，只提了四个字：保障民权。一个为宪政而死的人，最后一句话还是宪政。这大概就是他和这个国家，最体面也最无奈的一次告别。❞